Aquesta identificació personal amb el Sacrifici de la Creu el portava -com una única moció interior- de l’altar al confessionari. Els sacerdots no haurien de resignar-se mai a veure buits els seus confessionaris ni limitar-se a constatar la indiferència del fidel cap aquest sagrament. A França, en temps del sant rector d’Ars, la confessió no era ni més fàcil ni més freqüent que en els nostres dies, perquè el vendaval revolucionari havia arrasat des de feia temps la pràctica religiosa. Però ell va intentar per tots els mitjans, en la predicació i amb consells persuasius, que els seus parroquians redescobrissin el significat i la bellesa de la Penitència sacramental, mostrant-la com una íntima exigència de la presència eucarística. Va saber iniciar així un “cercle virtuós”. Amb el seu prolongat estar davant el sagrari a l’Església, va aconseguir que els fidels comencessin d’imitar-lo, anant a visitar Jesús, segurs que hi trobarien també el seu rector, disponible per escoltar-los i perdonar-los. Al final, una gernació cada cop més gran de penitents, provinents de tota França, el retenia al confessionari fins a setze hores cada dia. Es comentava que Ars havia esdevingut “el gran hospital de les ànimes”. El seu primer biògraf afirma: “La gràcia que aconseguia [perquè els pecadors es convertissin] era tan abundant que sortia en la seva cerca sense deixar-los un moment de treva”. En aquest mateix sentit, el sant rector d’Ars deia: “No és el pecador qui torna a Déu per demanar-li perdó, sinó Déu mateix qui cerca el pecador i el fa tornar a Ell”. “Aquest bon Salvador és tan ple d’amor que ens cerca arreu”.
A tots els sacerdots ens cal considerar aquelles paraules que ell posava en boca de Jesús com adreçades personalment a nosaltres: “Encarregaré als meus ministres que anunciïn als pecadors que estic sempre disposat a rebre’ls, que la meva misericòrdia és infinita”. Els sacerdots podem aprendre del sant rector d’Ars no sols una confiança infinita en el sagrament de la Penitència, que ens impulsi a posar-lo al centre de les nostres preocupacions pastorals, sinó també el mètode del “diàleg de salvació” que en ell cal entaular. El Rector d’Ars es comportava de manera diferent amb cada penitent. Qui s’acostava al seu confessionari amb una necessitat profunda i humil del perdó de Déu, trobava en ell paraules d’ànim per submergir-se en el “torrent de la misericòrdia divina” que arrossega tot amb la seva força. I si algú estava afligit per la seva debilitat i inconstància, amb por a recaigudes futures, el rector d’Ars li revelava el secret de Déu amb una expressió d’una bellesa commovedora: “El bon Déu ho sap tot. Abans fins i tot que ho confesseu, sap ja que pecareu novament i no obstant això us perdona. Que gran és l’amor del nostre Déu que el porta fins i tot a oblidar voluntàriament el futur, per tal de perdonar-nos!”. A qui, en canvi, s’acusava de manera freda i gairebé indolent, li mostrava, amb les pròpies llàgrimes, l’evidència seriosa i dolorosa d’allò “abominable” de la seva actitud: “Ploro perquè vós no ploreu”, deia. “Si el Senyor no fos tan bo… però ho és. Cal ser un bàrbar per comportar-se d’aquesta manera davant un Pare tan bo”. Provocava el penediment en el cor dels tebis, obligant-los a veure amb els propis ulls el patiment de Déu pels pecats com “encarnat” al rostre del sacerdot que els confessava. Si algú manifestava desitjos i actituds d’una vida espiritual més profunda, li mostrava obertament les profunditats de l’amor, explicant-li la bellesa inefable de viure units a Déu i estar en la seva presència: “Tot sota els ulls de Déu, tot amb Déu, tot per agradar a Déu… Quina meravella!”. I els ensenyava a pregar: “Déu meu, concediu-me la gràcia d’estimar-vos tant com jo sigui capaç”.