Ja l’any 1162 la vall comptava amb un alberg que feia les funcions d’hospital i de refugi de pastors. Al costat de l’alberg es trobava una capella dedicada a Santa Maria.El terratrèmol de Catalunya de 1428 va destruir l’alberg i la capella. Es va fer una primera reconstrucció l’any 1449 i es va reconstruir per complert entre 1640 i 1648. L’any 1728 foren ampliats.
L’església actual es va inaugurar l’any 1911. Poc després es va afegir l’hotel i es va iniciar la construcció del Via Crucis, obra que no s’acabaria fins a 1963.
El 22 de juliol de 1936, poc després d’esclatar la Guerra Civil Espanyola, el rector de la parròquia va fugir cap a França emportant-se la imatge de la verge. La volia salvar dels milicians i de la crema indiscriminada d’objectes religiosos que alguns d’ells estaven fent.
La imatge va acabar a Suïssa on va estar amagada fins al 1941, any en què va retornar a la vall. En acabar la guerra civil, l’exèrcit franquista va instal·lar a la vall unes dependències de l’exèrcit de muntanya.
El 29 de novembre del 2014 se celebrava amb solemnitat el títol i dignitat de Basílica Menor, atorgat pel Sant Pare Francesc.