Evangelitzades segurament des de la veïna seu episcopal d’Urgell, florent sota el govern de Sant Just, ja a la primera meitat del segle VI, les Valls d’Andorra són explícitament esmentades en l’acta de consagració de la nova catedral, del 839, entre els territoris compresos dins els límits geogràfics de la diòcesi. A més de la jurisdicció eclesiàstica, els prelats de la Seu hi exerceixen també, des de fa gairebé un mil·leni, una autoritat d’ordre temporal, la qual té el seu origen en la transferència, a favor d’ells i de la seva església, dels béns i drets hereditaris que els comtes d’Urgell posseïen en aquella part del comtat.
Les propietats cedides pel comte Borrell, el 988, al bisbe Sal·la, a canvi de les que el bisbat tenia a la Cerdanya i al Berguedà, i la renúncia d’Ermengol VI l’any 1.113, en mans del bisbe Pere Berenguer, dels drets alodials i senyorials que li pertanyien a les valls de la Valira des del monestir de Sant Sadurní de Tavèrnoles en amunt, representen els dos moments culminants del progressiu abandó del territori andorrà en poder de la Mitra i del seu traspàs del domini comtal a la senyoria episcopal. Aquesta fou compartida pels bisbes urgellesos, a partir del segle XI, amb el comte de Caboet, en qualitat de feudataris, i després, en idèntiques condicions, amb els seus successors els vescomtes de Castellbó (1.186) i els comtes de Foix (1.226).
Els pareatges del 1.278 i 1.288, concertats pel bisbe Pere d’Urtx i Roger Bernat III de Foix, augmentaren substancialment les atribucions i prerrogatives dels comtes foixans i convertiren de fet el feu andorrà en un condomini indivís i solidari. Els drets de la casa de Foix, incorporats finalment a la corona de França, passaren, a títol personal, al president de la República Francesa.