Mons. Josep Caixal llegó como Obispo de la Seu y Copríncipe de Andorra en 1853. Tres meses después de su llegada, anunció su propósito de construir un seminario en la Seo de Urgel en sustitución del que ya había en el colegio de San Andrés.
Cinco años más tarde se abría ya un expediente canónico de edificación. Si la intención final como parece era crear una universidad del Pirineo, lo cierto es que se construyó, bajo la conducción de Tomás Sansón y en un tiempo bastante rápido, un edificio elegante y gigantesco, que había que dar, como mínimo, servicio a todos los seminaristas que hasta entonces habían sido dispersos por las preceptoria, casas rectorales y familias de la Seu.
El edificio
El seminario Conciliar de Urgell pensado por el obispo Josep Caixal como la universidad de los pirineos, y realizado en su integridad en arte de punto redondo (neorrománico) con grandes influencias germánicas, es una avanzada del arte de mediados del siglo XIX en Europa, que se puso en práctica en Cataluya en otros edificios, como la Universidad de Barcelona o el Seminario Conciliar de Barcelona.
Después de unos años de deterioro se hicieron reparaciones menos vistosas durante el pontificado de Mons. Joan Martí, en el edificio y también en la capilla. En 2004, con motivo de los 150 años de la proclamación del dogma de la Inmaculada, Mons.Joan-Enric Vives inauguró los últimos trabajos de restauración del interior de la capilla, adaptándola ya a las disposiciones del concilio vaticano II.