Con la abolición del feudalismo (1811-37) la Iglesia de Urgell perdió la jurisdicción y los derechos señoriales ejercidos en diversos lugares y poblaciones del obispado, a excepción de las Valls d'Andorra, de donde los obispos de la Sede urgellesa son príncipes o jefes de estado, título y atribuciones que comparten con el presidente de la República francesa. La constitución de 1993, de la cual el copríncipe episcopal ha sido el pionero y un impulsor constante, ha proclamado Andorra Estado independiente, de derecho, democrático y social. Durante el pontificado del obispo Guardiola (1827-1851), adherido a la causa carlista y exiliado por este motivo (1835-48), el gobierno español había trabajado duro por la supresión del obispado, descartada poco después por el concordato de 1851; al mismo tiempo, tuvo parte descaradamente en los asuntos del principado de Andorra.
Corresponden también a esta época (1835) las primeras leyes de exclaustración, que se convierte en general y desamortitzadora a partir de 1837 y que motivó el cierre, entre otros, de las casas religiosas siguientes: Benet de Gerri, premostratenses de Bellpuig de les Avellanes, trinitarios de Balaguer y Bellvís, frailes menores conventuales de Balaguer, dominicanos de la Seu, Puigcerdà, Balaguer y Tremp, mercedarios de Agramunt, agustiniana de Sanaüja, carmelitas de Balaguer y Salgar, capuchinos de Tremp ... El obispo sucesor, Caixal (1853-1879), a pesar de la existencia de un concordato que, entre otras cosas, intentaba regularizar la vida religiosa, se encontró con la ejecución del real decreto de desamortización general de los antiguos bienes de la Iglesia (1855-56) que, en un obispado básicamente rural y agrícola como el de Urgell, tan duramente debería afectar a la financiación de su acción pastoral. A pesar de ello y los reiterados rechazos que debió soportar, audaz y sin ninguna otra colaboración que la de sus diocesanos, emprendió la construcción de un nuevo y moderno seminario (1860), que se estrenarán en 1886. En 1853 había creado el Boletín oficial eclesiástico, cuando sólo nueve obispados de España lo tenían.
